福建位于祖国大陆东南沿海，与台湾一水相连，同根共祖。福建与台湾地缘相近、血缘相亲、文缘相承、商缘相连、法缘相循，闽台农业合作具有得天独厚的区位优势、渊源深厚的人文优势、丰富优越的资源优势、相得益彰的互补优势。2005年7月，经中央同意，国务院台办、商务部、农业部联合批准福建将福州、漳州实验区扩大到全省，设立海峡两岸（福建）农业合作试验区。闽台农业合作将以海峡两岸（福建）农业合作试验区为重要载体，努力将其建设成为台湾农产品输入的区域物流集散基地，台湾农业外移的吸纳基地，台湾农民再创业基地和农产品加工出口基地，构筑起两岸人员、科技、信息交流的平台，现代农业生产要素引进消化的平台和探索农业改革与发展机制创新的平台，进而提高农业综合生产能力、区域农产品市场竞争能力和可持续发展能力，发挥出“窗口、示范、辐射”作用，达致合作共赢，共同发展。