主要职责：

　　一、贯彻执行党和国家有关口岸、海防管理和打私工作的方针、政策和法律、法规；负责拟定并组织实施本省口岸、海防管理和打私工作的政策、法规和计划、规划；负责口岸、海防和打私工作的组织实施和指导协调。

　　二、负责检查、监督口岸、海防和打私各单位依法履行职责情况，掌握工作动态，深入调查研究，收集整理资料、遏制违法违纪现象、总结推广经验。

　　三、负责对全省口岸的管理工作；负责全省一类口岸开放、整顿、关闭的审查批准工作，受理全省二类口岸开放、整顿、关闭的审查批准工作；负责海峡两岸试点直航的省内口岸管理工作。负责对新开辟的海、陆、空国际（含港、澳、台）客、货运航线、航班和申请临时进入我省非开放区域的外籍交通工具提出审查意见；负责全省对外开放口岸建设发展和口岸查验单位办公、生活设施的统筹规划，审查协调并督促实施规划、投资、设计施工与港口、码头、车站、机场等主体工程的同步建设工作；负责对全省直通港、澳陆路车辆的管理；负责协调和处理口岸各单位对外工作之间的关系和组织仲裁有关口岸事务中的争议问题。负责福州海、空口岸的管理、协调工作。

　　四、负责组织、指导全省口岸系统精神文明建设的创文明示范窗口活动和口岸、海防、打私的宣传工作；负责组织、协调全省口岸系统的通关环境建设工作；负责全省系统内工作人员的培训。

　　五、负责组织、协调打击走私的基础设施建设、更新装备工作；负责本系统打击走私罚没收入的汇解缴库工作和专项办案经费的使用、管理工作。

　　六、贯彻省委、省政府、上级军事机关的指示，组织、协调对台军事斗争有关系统的保障工作。

　　七、负责检查沿海治安管理和海上执法工作，协调有关部门开展海上专项斗争和联合行动，依法打击海上走私、偷渡、抢劫等各类违法犯罪活动。

　　八、配合有关部门做好反偷私渡工作和偷私渡人员的遣返事务。配合有关部门开展隐蔽战线斗争。

　　九、负责监督、检查、指导查处走贩私大要案工作，掌握案件情况和执法力度，健全督办制度。

　　十、负责对本省口岸、海防和缉私数据的统计和综合分析，完善通报制度。

　　十一、承办省政府、省口岸与海防管理委员会交办的其它事项。

　　根据福建省人民政府办公厅《关于同意将省口岸有海防管理委员会办公室马尾办事处下放福州市的函》（闽政办函[2002]127号），为理顺省、市口岸与海防管理委员会办公室工作关系，避免交叉管理，经研究，同意撤消省口岸与海防管理委员会办公室马尾办事处，其所承担的福州海港口岸现场管理、协调职能下放给福州市口岸与海防管理委员会办公室承担。

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